生物指标是种活微生物制品，可对特定灭菌方式具有一定耐受性定量测定其灭菌效果。
1、湿热灭菌法
      将物品置于消毒柜内利用高压饱和蒸汽、过热水喷淋等手段使微生物菌体中的蛋白质、核酸发生变形而杀灭微生物的方法叫做湿热灭菌法。湿热灭菌法最常用的生物指示剂为嗜热脂肪芽孢杆菌孢子，在121℃、19min下应被完全杀灭。
2、干热灭菌法
      将物品置于干热灭菌柜、隧道灭菌器等设备中，利用干热空气达到杀灭微生物或消除热源物质的方法称为干热灭菌法。常用的生物指示剂为枯草芽孢杆菌孢子。
3、辐射灭菌法
     辐射灭菌法是指灭菌物品利用电子辐射或γ射线辐射杀灭微生物的方法。常用的生物指示剂为短小芽孢杆菌孢子。
4、气体灭菌法
     指化学消毒剂形成的气体杀灭微生物的方法，常用的化学消毒剂有环氧乙烷（EO）、气态过氧化氢、甲醛、臭氧等，枯草芽孢杆菌孢子作为生物指示剂，适用于在气体中稳定的物品灭菌。
5、过滤除菌法
    缺陷假单胞菌生物指示剂利适用于过滤除菌法。用细菌不能通过致密微孔滤材的原理以除去气体或液体中的微生物的方法。