消毒灭菌方法种类多，应用条件各不相同。工作中如何根据实际情况选择恰当的消毒灭菌方法，对保证消毒灭菌效果至关重要。选择消毒与灭菌的方法应考虑以下三个方面。
（一）根据物品的性质进行选择
    不同的物品，对各种消毒灭菌因子的穿透力以及耐受力不同，应据此选择不同的消毒灭菌方法。其总的原则是保护消毒物品不受损坏，使消毒方法易于发挥作用。
      1.耐高温、耐湿度的物品和器材,应首选压力蒸汽灭菌；耐高温的玻璃器材、油剂类和干粉类等可选用干热灭菌。
      2.不耐热、不耐湿，以及贵重物品，可选择环氧乙烷或低温蒸汽甲醛气体消毒、灭菌。
      3.医疗器械的浸泡灭菌，应选择对金属基本无腐蚀性的灭菌剂。
     4.选择表面消毒方法，应考虑表面性质，光滑表面可选择紫外线消毒器近距离照射，或液体消毒剂擦拭；多孔材料表面可采用喷雾消毒法。
     5.对于一些无使用价值的医疗废物、病人衣物、尸体等可采用焚烧处理。
（二）根据物品上污染的微生物类型及数量进行选择
      不同类型的微生物对消毒灭菌因子的抵抗力不同，因此被不同类型微生物污染，应采用的消毒灭菌方法也应有所不同。
      1.对受到致病性芽胞菌、真菌孢子、分支杆菌和经血传播病原体污染的物品, 选用高效消毒法或灭菌法。
      2.对受到真菌、亲水病毒、螺旋体、支原体、衣原体和病原微生物污染的物品，选用中效以上的消毒方法。
     3.对受到一般细菌和亲脂病毒等污染的物品，可选用中效或低效消毒法。
    4.杀灭被有机物保护的微生物时，应加大消毒药剂的使用剂量和/或延长消毒作用时间。
    5.消毒物品上微生物污染特别严重时，应加大消毒药剂的使用剂量和/或延长消毒作用时间。
（三）根据物品污染后的危害程度进行选择
    不同物品的使用目的不同，对其上微生物的要求也不同，因此需使用不同的消毒灭菌方法，使达到相应的要求。
     1.高度危险性物品，必须选用灭菌方法处理。
     2.中度危险性物品，一般情况下达到消毒即可，可选用中效或高效消毒法。但中度危险性物品的消毒要求并不相同，有些要求严格，例如内窥镜，体温表等必须达到高效消毒，需采用高效消毒方法消毒。
     3.低度危险性物品，一般可用低效消毒方法，或只作一般的清洁处理即可，仅在特殊情况下，才作特殊的消毒要求。例如，在有病原微生物污染时，必须针对所污染病原微生物的种类选用有效的消毒方法。